卵、乳、小麦、大豆アレルギーの子がいます。
大豆のアレルギー検査反応は弱いらしく家庭では豆腐、味噌、醤油は使われています。黄な粉、大豆を食べた時に症状が出るそうです。
園では完全除去なので味噌、醤油も全て使っていません。大豆と直接関係ないように思うのですがお母さんが使うのが恐いらしくグリーンピースやさやいんげん、小豆など豆類としてひとくくりにしてお母さんの意向で園でも除去しています。
食べられる食品を試してみませんか？などの声かけ、勧め方がわかりません。

豆腐が食べられますので大豆アレルギーはなさそうですが、摂取量が増えると症状が出るのでしょうか？
また、味噌・醤油まで除去が必要なレベルのお子さんには給食対応は難しいとされます。 保育所におけるアレルギー対応ガイドライン2019年改訂版（厚生労働省）p44-45または学校給食における食物アレルギー対応指針（文部科学省）p18-19をご参照ください。
仮に大豆アレルギーだとしても、他の豆類は摂取可能なことがほとんどです。
除去食を依頼する際には医師の診断に基づく生活管理指導票の提出が必須です。受診の際に医師からお母様に説明できますし、必要に応じて専門医への照会もなされるはずです。